Il Legislatore definisce il protocollo informatico come ’’l’insieme delle risorse di calcolo, degli apparati, delle reti di comunicazione e delle procedure informatiche utilizzati dalle amministrazioni per la gestione dei documenti’’, ovvero tutte le risorse tecnologiche necessarie alla realizzazione di un sistema automatico per la gestione elettronica dei flussi documentali. Tale definizione è contenuta nel  Testo Unico delle disposizioni legislative e regolamentari in materia di documentazione amministrativa (DPR 445/2000, art.1)
Tale normativa contiene le indicazioni a cui ogni sistema di protocollo informatico, che si intende adottare o realizzare, deve ottemperare nell’ambito de ’’la formazione, il rilascio, la tenuta e la conservazione, la gestione, la trasmissione di atti e documenti da parte di organi della pubblica amministrazione’’.

L’attività di protocollazione è quella fase del processo amministrativo che certifica provenienza e data di acquisizione del documento identificandolo in maniera univoca per mezzo dell’apposizione di informazioni numeriche e temporali. Costituisce pertanto un passo obbligato per tutti i flussi documentali che intercorrono tra le Amministrazioni ed all’interno di esse. Dalla sua gestione innovativa e razionale dipende strettamente il grado di efficienza e di trasparenza raggiunto dall’azione amministrativa.

Chi deve realizzare il protocollo informatico
Sono tenuti a realizzare la gestione del protocollo con sistemi informativi automatizzati le pubbliche amministrazioni ai sensi del Decreto Legislativo 30 marzo 2001, n. 165  art.1 comma 2 dove: “ Per amministrazioni pubbliche si intendono tutte le amministrazioni dello Stato, ivi compresi gli istituti e scuole di ogni ordine e grado e le istituzioni educative, le aziende ed amministrazioni dello Stato ad ordinamento autonomo, le regioni, le province, i comuni, le comunità montane, e loro consorzi ed associazioni, le istituzioni universitarie, gli istituti autonomi case popolari, le camere di commercio, industria, artigianato e agricoltura e loro associazioni, tutti gli enti pubblici non economici nazionali, regionali e locali, le amministrazioni, le aziende e gli enti del Servizio sanitario nazionale’’.

Obiettivi 
Gli obiettivi che si intendono perseguire con lo strumento del ’’protocollo informatico’’ sono:

• eliminare i registri cartacei, diminuire gli uffici di protocollo, razionalizzare il flusso documentale;
  
  
• implementare gli strumenti che favoriscono un effettivo esercizio del diritto di accesso allo stato dei procedimenti ed ai relativi documenti da parte dei soggetti interessati (cittadini ed imprese) al fine di migliorare la trasparenza dell’azione amministrativa

Linee guida e Manuale di gestione
Con il Decreto del 14/10/2003 vengono approvate le Linee guida per l’adozione del protocollo informatico e per il trattamento informatico dei procedimenti amministrativi. Le linee guida offrono un quadro unitario degli adempimenti minimi cui sono tenute le amministrazioni e che sinteticamente sono:

• definizione di un adeguato piano di sviluppo dei sistemi informativi automatizzati con individuazione delle aree organizzative omogenee e i relativi uffici;
  
  
• nomina dei responsabili di tali servizi;
  
  
• redazione e adozione di un manuale di gestione del sistema documentario;
  
  
• introduzione di un sistema informatico per la gestione documentale che preveda almeno il nucleo minimo del protocollo informatico.

Il CNIPA Centro Nazionale per l’Informatica nella Pubblica Amministrazione ha redatto un modello di riferimento del Manuale di gestione , (risultato di un’analisi dei manuali di gestione pervenuti al CNIPA e/o pubblicati dalle singole amministrazioni centrali e locali) per tutte le amministrazioni che realizzano progetti di gestione elettronica dei documenti con alcune indicazioni operative per la stesura del Manuale di Gestione del Protocollo Informatico, dei documenti e dell’Archivio che le Pubbliche Amministrazioni sono chiamate a predisporre ai sensi dell’art. 3, comma c) del DPCM 31 ottobre 2000 con le modalità riportate nel successivo art.5.

Nel 2009 il CNIPA, su disposizione del decreto legislativo n.177 del 1° dicembre 2009, ha assunto la denominazione di DigitPA. Successivamente, ai sensi del decreto legge n. 83/2012, convertito in legge n. 134/2012, l’ente DigitPA è stato soppresso ed è stata istituita l'Agenzia per l’Italia digitale