La prima scelta da effettuare sul versante organizzativo, consiste nella collocazione del nuovo ufficio in seno alla struttura complessiva dell'ente. L'URP può essere collocato all'interno di uno dei settori di line oppure in staff ai vertici amministrativi dell'Ente. La collocazione organizzativa dipende della mission individuata per il nuovo servizio e a sua volta influenza le attività e le funzioni attribuite all’ufficio.

La collocazione in line, infatti, è particolarmente funzionale nel caso in cui l'URP debba svolgere principalmente funzioni di contatto e relazione con il pubblico, finalizzati a favorire l'accesso ai servizi dell'Ente. Di norma tale collocazione risponde più all'esigenza di presidiare i rapporti diretti con i cittadini ed è una scelta preferita nei contesti di piccole-medie dimensioni.
La collocazione in staff ai vertici amministrativi, invece, è particolarmente funzionale nel caso in cui si intenda sviluppare anche funzioni di comunicazione al servizio del processo decisionale. Tale collocazione è invece prevalente, anche se meno frequente, nelle amministrazioni di grandi dimensioni e/o nelle aziende sanitarie, dei ministeri ecc. 
La collocazione organizzativa deve essere coerente con la mission dell'ufficio; tuttavia la collocazione di line non pregiudica lo svolgimento di funzioni più tipiche della collocazione di staff e viceversa.

Il decreto legislativo n°165/2001 recante "Norme generali sull’ordinamento del lavoro alle dipendenze delle amministrazioni pubbliche", non pone obblighi di organizzazione in merito alla posizione in organigramma di un determinato ufficio, e nello specifico dell’URP. Le amministrazioni pubbliche sono chiamate ad assumere ogni determinazione organizzativa al fine di assicurare l’attuazione dei principi di cui all’articolo 2, comma 1, e la rispondenza al pubblico interesse dell’azione amministrativa. Nella direttiva PCM dell’11 ottobre 1994, si indica che il livello degli URP è “adeguato alla struttura, all’impianto organizzativo, alle dimensioni e alla natura dell’attività svolta dall’amministrazione” e che “di norma, gli URP sono istituiti laddove si svolge l’attività di amministrazione attiva di maggio contatto con i cittadini.